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2005年中央1號文件明確提出要提高農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力，抓住了解決“三農(nóng)”問題和實現(xiàn)城鄉(xiāng)統(tǒng)籌發(fā)展的關(guān)鍵。要提高農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力，充分發(fā)揮市場微觀主體的積極性和創(chuàng)造性雖然重要，但農(nóng)業(yè)作為一個弱質(zhì)產(chǎn)業(yè)，比較效益低，必須加大政府財政支農(nóng)的力度，建立長效的財政支農(nóng)機制。

一是建立財政支農(nóng)資金穩(wěn)定增長機制，優(yōu)化財政支農(nóng)結(jié)構(gòu)。加大財政資金對農(nóng)業(yè)的投入，是提高農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力的保障。為此，必須進一步調(diào)整國民收入分配結(jié)構(gòu)和財政支出結(jié)構(gòu)，建立財政支農(nóng)資金穩(wěn)定增長的機制，優(yōu)化財政支農(nóng)結(jié)構(gòu)。具體說：一是提高農(nóng)業(yè)財政資金投入比重。要認真貫徹落實《農(nóng)業(yè)法》，確保各級財政每年對農(nóng)業(yè)總投入的增長幅度高于財政經(jīng)常性收入的增長幅度。提高農(nóng)業(yè)財政支出占整個財政總支出的比重，各級財政每年應(yīng)從新增財力中拿出一定份額用于農(nóng)業(yè)。同時，謀劃一批農(nóng)業(yè)項目，加大國債資金的投入力度，每年至少從發(fā)行的國債數(shù)量中拿出25%投資于農(nóng)業(yè)，擴大農(nóng)業(yè)利用國債資金的規(guī)模。二是優(yōu)化財政支農(nóng)結(jié)構(gòu)。加大“綠箱”支出，農(nóng)業(yè)財政投資要重點支持農(nóng)村中小型基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)、骨干品種及優(yōu)勢產(chǎn)業(yè)帶(區(qū))發(fā)展、農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量提高、農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營、社會化服務(wù)和科研推廣、質(zhì)量安全和檢驗檢測、農(nóng)產(chǎn)品流通設(shè)施、農(nóng)民培訓(xùn)等方面。特別是要加大財政對農(nóng)業(yè)科研費用支出，支持農(nóng)業(yè)科研和技術(shù)推廣。要把農(nóng)業(yè)科研投資占農(nóng)業(yè)總產(chǎn)值的比重由目前的0.17％～0.25％提高到0.5％以上，以后逐漸達到1％以上。要在科學(xué)劃分農(nóng)業(yè)事業(yè)單位類型的基礎(chǔ)上，對應(yīng)由國家必保的農(nóng)業(yè)事業(yè)單位，特別是中央級農(nóng)口事業(yè)單位和項目給以經(jīng)費上的切實保證。應(yīng)重點支持一批農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)科學(xué)研究、生物工程基礎(chǔ)項目的研究，組織聯(lián)合攻關(guān)。要按照公共財政的原則，把農(nóng)村公共領(lǐng)域的事業(yè)建設(shè)納入政府支持范疇，加大對農(nóng)村基礎(chǔ)教育、文體設(shè)施、公共衛(wèi)生和基本醫(yī)療服務(wù)設(shè)施的支持力度，建立有效的農(nóng)村公共物品供給體系。

二是完善農(nóng)業(yè)生產(chǎn)補貼體系。要提高農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力，關(guān)鍵是要提高農(nóng)業(yè)可持續(xù)生產(chǎn)能力，這就內(nèi)在要求進一步完善農(nóng)業(yè)生產(chǎn)補貼體系。針對傳統(tǒng)的農(nóng)產(chǎn)品間接補貼的主要弊端，2003年以來，我國進行了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)補貼制度的改革，由向流通領(lǐng)域補貼轉(zhuǎn)向直接向農(nóng)民補貼。這種直接補貼方式是符合世界貿(mào)易組織規(guī)則的，現(xiàn)在的問題是補貼的水平還比較低，補貼的結(jié)構(gòu)還不合理，補貼還沒有完全落實到農(nóng)戶手里。因此，要提高對農(nóng)業(yè)補貼的效果，就必須進一步完善農(nóng)業(yè)生產(chǎn)補貼體系，抓住糧食流通體制改革的機遇，調(diào)整農(nóng)業(yè)補貼方向，將農(nóng)業(yè)補貼的重點從保障農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)供給型轉(zhuǎn)向增加農(nóng)民收入型以完善直接補貼。對農(nóng)民和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)實行直接補貼，這是使目前屬于“黃箱”性質(zhì)的補貼轉(zhuǎn)為“綠箱”政策的一條可行的途徑。對農(nóng)民的直接補貼，要體現(xiàn)保障糧食安全、穩(wěn)定農(nóng)民收入的政策目標，補貼的重點是糧食主產(chǎn)區(qū)，補貼的范圍是種植糧食、對社會提供商品糧的農(nóng)戶和農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境保護補貼，補貼的依據(jù)是種糧面積和糧食商品量，補貼的渠道是通過財政部門一次性核算到農(nóng)戶，可直接抵扣應(yīng)上交的稅費。對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的直接補貼，應(yīng)逐步實施大宗農(nóng)產(chǎn)品良種推廣補貼制度，加速優(yōu)良品種的選育和推廣，降低農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)成本，提高質(zhì)量安全水平，增強我國農(nóng)產(chǎn)品國際競爭力。為了確保農(nóng)業(yè)生產(chǎn)直接補貼真正到位，要建立完善補貼發(fā)放監(jiān)督和懲罰制度，加強對補貼金發(fā)放的監(jiān)管，對于挪用、套用、貪污補貼金的當(dāng)事人，要追究法律責(zé)任。

三是建立有利于農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力提高的稅收制度。必須按照建立現(xiàn)代稅制和公共財政的要求，取消農(nóng)業(yè)稅，逐步減少以至完全取消不應(yīng)當(dāng)由農(nóng)民負擔(dān)的各種稅費項目。黨的十六屆三中全會后，中央政府已經(jīng)明確宣布2004年取消農(nóng)業(yè)特產(chǎn)稅，從2004年開始每年降低農(nóng)業(yè)稅一個百分點以上，五年內(nèi)取消農(nóng)業(yè)稅，最終要建立城鄉(xiāng)統(tǒng)一的稅制?，F(xiàn)在有20多個省市宣布2005年取消農(nóng)業(yè)稅，今后更為重要的是要在取消農(nóng)業(yè)稅的基礎(chǔ)上實施有利于農(nóng)業(yè)綜合生產(chǎn)能力提高的稅收優(yōu)惠政策：對農(nóng)產(chǎn)品加工業(yè)實行稅收優(yōu)惠政策，對農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化國家級龍頭企業(yè)，從事種植業(yè)、養(yǎng)殖業(yè)和農(nóng)林產(chǎn)品加工業(yè)取得的所得，可以實行暫免征收企業(yè)所得稅，將農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)進項抵扣率提高到13％，銷售自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品免征增值稅，農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)研究開發(fā)新產(chǎn)品、新技術(shù)、新工藝所發(fā)生的各項費用，在繳納企業(yè)所得稅前扣除；對利用荒山、荒灘、荒地、荒水等“四荒”資源從事農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)化經(jīng)營的，給予財政補貼；對于面向國際市場的勞動密集型和技術(shù)密集性農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)企業(yè)和農(nóng)戶實行稅收優(yōu)惠；國家應(yīng)對照世貿(mào)組織《農(nóng)業(yè)協(xié)議》的要求，盡快調(diào)整農(nóng)產(chǎn)品出口稅費政策，適當(dāng)提高出口農(nóng)產(chǎn)品退稅率，并且及時退稅，對農(nóng)產(chǎn)品出口企業(yè)進口的生產(chǎn)、加工設(shè)備和種子等生產(chǎn)資料實行減免稅政策，免征出口農(nóng)產(chǎn)品稅費；減免農(nóng)產(chǎn)品出口企業(yè)的檢驗檢疫等費用。