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由于知識產(chǎn)權(quán)侵權(quán)行為的特殊性，權(quán)利人在訴訟中較多地運用到公證取證手段。根據(jù)我國法律的規(guī)定，證據(jù)效力是公證書的最基本的效力，是指公證書是一種可靠的證據(jù)，具有證明公證對象真實、合法的證明力，可直接作為認定事實的根據(jù)。我國《民事訴訟法》第六十七條規(guī)定“經(jīng)過法定程序公證證明的法律行為、法律事實和文書，人民法院應(yīng)當作為認定事實的根據(jù)。但有相反證據(jù)足以推翻公證證明的除外”?！蛾P(guān)于民事訴訟證據(jù)的若干規(guī)定》第九條亦有類似規(guī)定。根據(jù)這些規(guī)定，除有相反證據(jù)并足以推翻公證證明的情況外，公證書具有絕對的證明力，是人民法院可以直接采信的證據(jù)。

我國1982年頒布的《公證暫行條例》第三條對公證處的性質(zhì)規(guī)定為“公證處是國家公證機關(guān)”，賦予了公證書以國家公信力，這使得不少人將公證書的效力絕對化。已于2006年3月1日起施行的《公證法》對公證處的性質(zhì)在第六條重新界定為“公證機構(gòu)是依法設(shè)立，不以營利為目的，依法獨立行使公證職能、承擔(dān)民事責(zé)任的證明機構(gòu)。”同時關(guān)于公證效力在第三十六條規(guī)定“經(jīng)公證的民事法律行為、有法律意義的事實和文書，應(yīng)當作為認定事實的依據(jù)，但有相反證據(jù)足以推翻該項公證的除外?！边@些規(guī)定體現(xiàn)了公證的非營利性、獨立性、社會中介性以及享有公共權(quán)力的公證性質(zhì)。法律行為、法律事實和文書經(jīng)過公證證明之后，其真實性和合法性已被公證機關(guān)所確認，具有較強的證明力。公證的證明力來源于法律授權(quán)，公證機構(gòu)及其依法作出的公證具有較高的公信力。

公證書制作的嚴謹法律程序是公證書具有特殊證據(jù)效力的根本原因。公證優(yōu)于私證的原因，主要不在于它代表國家的證明，而是因為，通過嚴謹?shù)姆沙绦?，公證更具有客觀反映事實的作用，因而更加令人信服。歸根到底，國家職權(quán)——證明權(quán)的權(quán)威，最終都必須通過公證人員嚴格按照法律程序辦事得以體現(xiàn)。所以，大多數(shù)國家都將公證作為一種社會公共活動，與國家行為明確區(qū)別，國家對公證行為行使監(jiān)督，設(shè)定嚴格的行為規(guī)則，但國家并非作為該活動的行為主體。也因此，公證書的特殊證據(jù)效力與公證員的法律專業(yè)水平及公正、理性的職業(yè)道德準則密切相關(guān)。我國的現(xiàn)狀是公證人員的責(zé)任心、業(yè)務(wù)能力極不平均，公證程序中的合法性、嚴謹性水平參差不起，導(dǎo)致有的公證書在事實證明上的公信力備受質(zhì)疑。

對于公證效力的爭議的訴訟解決機制，《公證法》第四十條規(guī)定“當事人、公證事項的利害關(guān)系人對公證書的內(nèi)容有爭議的，可以就該爭議向人民法院提起民事訴訟?！奔串斒氯恕⒐C事項的利害關(guān)系人對已生效的公證書發(fā)生爭議，可以提起民事訴訟。也就是說當事人、公證事項的利害關(guān)系人對已生效的公證書公證的事項發(fā)生實體權(quán)利義務(wù)爭議，可以以其他當事人為被告提起民事訴訟解決其實體爭議。在法院的審理中，公證書所證明的公證事項被法院作為認定事實的依據(jù)，則公證書有效，反之，公證書自然失效或部分失效。在國務(wù)院提請審議的公證法草案第三十四條第二款曾規(guī)定：“公證當事人及公證事項的利害關(guān)系人對公證機構(gòu)撤銷或者拒絕撤銷公證書有異議的，可以向人民法院提起民事訴訟?！惫C法草案審議和征求意見的過程中，這一款的規(guī)定有不少反對意見，認為當事人、利害關(guān)系人對公證事項發(fā)生爭議，通常是對他們之間的權(quán)利義務(wù)有爭議，這一爭議可以提起民事訴訟予以解決。如果規(guī)定一個以公證機構(gòu)為被告而請求法院解決公證書效力問題的訴訟，當事人、利害關(guān)系人的爭議仍須再提起一個訴訟最后解決，當事人要起訴兩次，法院也要審理兩次。這種制度設(shè)計是不經(jīng)濟、不科學(xué)的，也是沒有必要的。將公證效力的認定作為一個單獨的民事訴訟，我國民事訴訟法也沒有規(guī)定?；谌缟峡紤]，對于設(shè)置此項單獨訴訟程序的規(guī)定，沒有采納。十屆全國人大常委會第十七次會議通過的公證法刪去了前述規(guī)定。

在知識產(chǎn)權(quán)案件審理中，公證書依法具有當然的證據(jù)效力和優(yōu)勢證明力的同時，對公證書所證明的相關(guān)事實也還應(yīng)當具體問題具體分析，結(jié)合其他證據(jù)全面把握案件事實。對于相反證據(jù)的理解，筆者認為也不應(yīng)當拘于對方當事人向法院提交的相反證據(jù)，而是案件中所出現(xiàn)的、與公證書證明事實相矛盾的證據(jù)。人民法院審查公證證明時，審點應(yīng)是當事人是否具有推翻公證證明的相反證據(jù)，該證據(jù)是否充分，是否足以推翻公證證明。如果當事人沒有相反的證據(jù)，或者該證據(jù)不足于推翻公證證明，人民法院只經(jīng)過形式審查，即可直接認定公證證明的效力。